Należy odróżnić przepływy finansowe z Komisji Europejskiej do polskiego Ministerstwa Finansów (obieg programu) od przepływów do projektodawców (obieg projektu). Przekazywanie zaliczki w dużym obiegu (do państwa członkowskiego) jest ustalone przez ustawodawstwo wspólnotowe, natomiast każde państwo ustanawia własny sposób przekazywania środków beneficjentom i odbiorcom pomocy.
Polskie dokumenty opisujące sposób zarządzania funduszami strukturalnymi co do zasady nie przewidują zaliczek dla projektodawcy - odbiorcy pomocy. Płatności powinny być realizowane ze środków własnych projektodawcy. Odbiorca pomocy otrzyma refundację dopiero po przedstawieniu rozliczenia danego projektu lub etapu projektu i po jego przyjęciu (merytorycznym i finansowym) przez instytucję zarządzającą danym programem lub wyznaczoną instytucję pośredniczącą. Dla pewnych grup odbiorców (np. dla organizacji pozarządowych) tworzone są odrębne środki, mające ułatwić prefinansowanie, jednak znakomita większość beneficjentów musi samodzielnie poradzić sobie z uzyskaniem prefinansowania zewnętrznego.Koszty w planie
finansowym projektu
Istotne znaczenie przy planowaniu finansowym ma uwzględnienie źródła i kosztów prefinansowania oraz współfinansowania projektu, jak również zasad kwalifikowalności kosztów.
Projektodawca musi nie tylko określić całkowite koszty projektu, ale także, które z nich kwalifikują się do dofinansowania ze środków wspólnotowych, a które będą stanowić koszt dodatkowy (niekwalifikowalny). Zasady kwalifikowalności różnią się w poszczególnych funduszach. Na przykład w dwóch projektach budowy oczyszczalni ścieków inne koszty będą uznane za kwalifikowalne, jeżeli finansowanie pochodzi z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, a inne gdy jest to projekt Funduszu Spójności.
Wielkość współfinansowania, które zapewnić ma beneficjent lub odbiorca pomocy, wynika z decyzji o przyznaniu pomocy danemu przedsięwzięciu. Decyzja ta określa zakres projektu, limit wydatków kwalifikowalnych oraz udział wspólnotowy (określany w procentach kosztów kwalifikowalnych). Zależy on od rodzaju projektu i od statusu prawnego beneficjenta. Informację o możliwym poziomie dofinansowania wspólnotowego można znaleźć w dokumentach programowych (programach operacyjnych i uzupełnieniach programów).