Prokuratura oskarżyła go o m.in.: oszustwa w obrocie papierami wartościowymi, pranie brudnych pieniędzy, fałszowanie korespondencji, składanie fałszywych oświadczeń oraz krzywoprzysięstwo.

Madoff mógł zdefraudować ponad 50 mld USD należących do klientów jego firmy inwestycyjnej. Grozi mu do 150 lat pozbawienia wolności.Oskarżony nie zawarł ugody z prokuraturą, która pozwoliłaby mu odpowiadać jedynie z tytułu części stawianych mu zarzutów. Do tego porozumienia nie doszło, gdyż Madoff odmówił przyznania się do działania w zmowie, przez co musiałby wskazać przed sądem wspólników w przestępstwie.

Rozpatrujący sprawę sędzia Denny Chin uznał, że Madoff nie powinien odpowiadać z wolnej stopy i nakazał odprowadzić oskarżonego do aresztu. Wydanie wyroku w sprawie finansisty zostało zapowiedziane na 16 czerwca.